1.垃圾分类末端处理设施不配套
目前国内很多地市的垃圾处理设施能力面临很大的缺口。比如有害垃圾，大部分省市生态环境部门在这方面还是空白;可回收物品，是由社会上废品回收公司运行，政府职能部门如商务局或者供销社管理脱节，缺乏有效的监督管理和收集量的科学统计;厨余垃圾方面，目前厌氧或好氧生物处理的技术工艺都有待完善，生物处理后的肥料产品质量和销路还不能保障;其他垃圾处理方面，生活垃圾填埋场和焚烧厂的建设面临较大的“邻避效应”，群众环保意识加强，反对在自家附近建设垃圾处理场的呼声很高。
2.群众垃圾分类意识不强
尽管现在各种新闻媒体大力宣传垃圾分类，居民群众通过各种渠道了解到垃圾分类知识，但是由于居民对垃圾分类缺乏系统知识的学习和研究，而发达国家对居民分类要求很严，建立了相应的制度规范，处罚措施也很严厉，居民都养成了自觉分类的习惯，而我国居民很多人还不知道如何科学分类，长期以来的生活习惯也很难在短期内进行彻底改变，所以真正投入生活垃圾分类的人数相对有限。
3.资金投入不足，垃圾收费制度不健全
目前在垃圾分类中的投入更多地偏重于末端处置环节，对于其他环节的投入相对偏少。推行“谁产生，谁付费”的生活垃圾收费制度，通过垃圾收费制度的实施，促进了垃圾分类，居民家庭垃圾减量后，可以减少在垃圾处理费方面的支出，从经济层面有效地推动垃圾产生者源头开展垃圾分类。而我们现在大多数省市只对单位垃圾处理收费，对居民家庭还没有收费，所以居民群众的分类意识和分类行为没有强制约束力。
4.垃圾分类标准、考核评价体系、协调机制不完善
目前我国生活垃圾分类各个地市按照各自不同的标准进行，此外，各地摸索的评价指标也不完全相同，评价体系的不完善给各级管理部门对垃圾分类效果的评价造成了很大的影响。目前大多数省市生活垃圾投放、收集工作由街道、居委会、物业等有关部门负责，垃圾清运、处理工作由环卫部门负责，再生资源利用由商务部门负责，有害垃圾有的城市是由环保部门负责，有的城市是由城管部门负责，医疗垃圾由环保和卫生部门负责。在垃圾处理产业化的链条中，各部门尚未形成合力，相关政府部门之间综合协调机制不完善。